成本，质量，监管方面的挑战，安全性和可用性是最近对300多个为生命科学仪器制造商和用户工作的工程师和业务经理的调查所确定的主要近期挑战。尽管工程师的工作重点往往与管理人员不同，但是这两个小组每天都发现他们面临着许多相同的挑战：
减少实验室费用的趋势使得降低成本成为第一要务。 成本压力迫使成本降低归结到OEM和零部件供应商。用户正在从每次测试和每次测试占地面积的角度查看成本模型，而OEM则在查看其物料清单和工程成本。许多受访者指出，总拥有成本的概念是关键指标，与最终结果相比，通过最终用户的眼光在仪器性能方面相对平均地划分了最终用户。
质量和法规方面的挑战凸显了对“防弹”和“稳健”设计的需求，并围绕如何摆脱严格的内部质量测量（如退回的百万分率（RPPM）或平均故障间隔时间（MTBF））进行了讨论。更多以最终用户为中心的衡量指标，例如实验室正常运行时间。MTBF被视为“杀手variable”。
仪器的安全性和可用性与没有工程师或维护人员来处理停机或故障排除的实验室中仪器复杂性和难度的增加有关。随着细胞研究的进步，多种仪器一起配置，实验室机器人负责装卸。无论是通过使用协作机器人还是仅通过机器防护来实现，此更改都使用户安全至上。样品安全性是用户安全性的另一个方面，在这里再次需要保护和闭环控制，以使用户免受过程中样品的伤害并保护样品免受可能的用户干扰或篡改。
精度也严重影响着质量规模，要求运动控制系统的性能达到新的水平。DNA测序，数字病理学，细胞检查和处理以及分子诊断等新技术的趋势要求在常规液体处理或机器人处理应用程序之外具有较高的精度和可重复性，这主要是由于样本量较小。
缺乏工程人力和培训迫使许多仪器制造商找到了用更少的人做更多事情的方法。自2008-2009年经济衰退以来，员工人数一直保持相对减少，导致团队延长了项目的时效性，外包了设计元素，或者寻找了子系统级别的供应商，这些供应商可以提供更加完整的系统解决方案。将更复杂的自动化仪器引入实验室环境中，使工作人员没有专门知识或带宽来进行故障排除。这使良好的用户培训变得更加困难，因此不太可能。
监管关注的范围从从在美国以外地区发布器械到将器械收入流与获得FDA批准同步的趋势。